Orígenes y Edad Media:
Establecer el origen de los primeros asentamientos humanos en la actual Santander resulta complejo dados los pocos datos escritos y arqueológicos. Sin embargo, parece un lugar bastante adecuado el lado norte de la bahía; al abrigo de la misma y a salvo de los temporales del Cantábrico y los vientos, en la ladera norte del promontorio de Somorrostro y a orillas de la antigua ría de Becedo.
Por otra parte, las aguas de la bahía, alimentadas por amplias rías que en ella desembocan desde el sur, sirven de fuente de alimentación para los allí asentados y la buena visibilidad desde el cerro para avistar los posibles atacantes hacen de este lugar idóneo para la fundación de un poblado estable, donde en definitiva evolucionó a lo largo de toda la Edad Media. Desde la época romana, donde aparecen los primeros datos, la antigua Portus Victoriae Iuliobrigensium de la que hablan las fuentes romanas, se han hallado restos arqueológicos en la península de la Magdalena (restos de una edificación con suelos de mosaico, un Hermes de bronce y diverso material monetario y cerámico); en el promontorio de San Martín (una villa del s.I d. C. con restos de un hypocaustum de unas termas y diversas monedas de plata así como un ánfora del siglo I d.C.) y sobre todo en la zona del Cerro de Somorrostro (en latín: summum rostrum, 'promontorio mayor') donde se realizaron excavaciones sistemáticas y aparecieron bajo la actual catedral restos de iglesias de época altomedieval y estructuras de época romana —hypocaustum perteneciente a unas estancias de finalidad termal, muros de contención y otros edificios, todo ello acompañado de importante material monetario, un sestercio de la época del emperador Trajano, otras monedas de Constantino I, etc.— que indican que los romanos llevaban a cabo actividades mineras y comerciales con el puerto como base.
También se sabe que eran frecuentes las incursiones de los navegantes nórdicos y, según el historiador Hidacio (siglo V), la población sufrió el saqueo de los Hérulos. Aunque aparece citada por primera vez en 1068 en un documento hecho redactar por el rey Sancho II, en el siglo IX Alfonso II, el Casto, fundó la Abadía de los Cuerpos Santos en la ermita preexistente en el cerro de Somorrostro, sobre el relicario de las cabezas de san Emeterio y san Celedonio y los enterramientos de otros mártires desconocidos, a los que debió su nombre de iglesia de los Cuerpos Santos. Según la leyenda, las cabezas de san Emeterio y san Celedonio, mártires decapitados en Calahorra por no abjurar de su fe católica en el siglo III, fueron transportadas en una barca de piedra para protegerlas del avance musulmán. Llegaron a Santander después de dar la vuelta a la Península, chocaron y atravesaron una roca en la entrada de la bahía (actual Isla de la Horadada) y se instalaron en la cueva bajo la primitiva iglesia del Cerro de San Pedro (Somorrostro). El monasterio existente en dicho lugar los tomó como patronos y se colocaron sus efigies en el escudo de la iglesia y posteriormente de la ciudad. Los filólogos consideran que el nombre actual de Santander proviene del nombre de Portus Sanctorum Emeterii et Celedonii, San Emeterio por evolución: Sancti Emetherii > Sancti Emderii > Sanct Endere > San Andero > Santendere > Santanderio > Santander. Es una secuencia generalmente aceptada, aunque los saltos fonéticos propuestos no estén muy claros y han sido más que cuestionados.
En muchos de los mapas y documentos de a partir del siglo XIII se refieren a Santander como San Andrés, San André, Sant Ander y Sant Andero.El Rey Alfonso X se refería a la villa como Sant Ander en 1.255, cuando otorgó el derecho de nombrar alcaldes y jurados a su hermano Don Sancho y en 1.522 el marinero Juan Debo Del Rio, natural de Cueto (Santander)que embarcó en la "Victoria" bajo el mando de Juan Sebastián Elcano, era conocido como Juan de " San Andrés". Esto hace creer en una segunda teoría que el nombre derive del Santo Andrés, pero la ausencia de este santo en el posterior desarrollo de la ciudad hace dudar de su autenticidad, si bien es cierto que no todas las ciudades con nombre de santo rindieran culto precisamente a ese santo en sus catedrales. Archivo:Mapa litoral cantábrico San Andero.
El 11 de julio de 1187 el rey Alfonso VIII de Castilla nombró al abad de San Emeterio dueño y señor del pueblo y dotó a la villa de fuero (similar al de Sahagún) que tendía a facilitar el tráfico marítimo, la pesca y el comercio, actividades de las que la Abadía recibía sus tributos, así como de la elaboración de escabeches y las explotaciones vinícolas. Durante los siglos XII y XIII la población fue delimitando su estructura dentro del recinto amurallado que toda villa convenía, con dos pueblas diferenciadas. La Puebla Vieja, más antigua, sobre el cerro de Somorrostro que dominaba la ciudad de cara a la bahía, incluía el castillo, la Abadía de los Cuerpos Santos, el claustro y el cementerio. Por el otro lado se encontraban las Atarazanas y el puerto. Tenía tres filas de casas, separadas por la rúa de Carnicerias y la Rúa Mayor, donde estaban la viviendas de los pobladores prominentes de la villa, como el 'abad', los canónigos y los linajes mayores de entonces.
La Puebla Nueva contenía el convento de Santa Clara y el de San Francisco, este ya fuera de la puerta, que daba nombre a una de las calles principales; otras calles de importancia eran la Rúa de la Sal, La rúa del Palacio, la Ribera, Don Gutierre, Puerta de la Sierra, Cadalso y Rúa del Arcillero. Ambas pueblas estaban unidas por un puente sobre la Ría de Becedo que las dividía y llegaba hasta las Atarazanas, los astilleros mandados construir por el rey para aprovechar las maderas de los bosques cantábricos en la construcción de naves. La villa estaba obligada a proporcionar a la monarquía una nao al año. En 1217 se iniciaron las obras de construcción de la iglesia principal de la villa en el mismo lugar que las anteriores, donde tras multitud de reformas continuó hasta nuestros días. En 1318 comenzaron las del claustro.
En 1248, Santander participó, junto a otras villas del cantábrico, en la batalla por la conquista de Sevilla, recibiendo como recompensa un escudo de armas que contiene las imágenes de la Torre del Oro y el río Guadalquivir. El 4 de mayo de 1296, las villas costeras cantábricas formaron la Hermandad de las villas de la marina de Castilla con Vitoria o Hermandad de las marismas, que agrupaba a Santander, Castro Urdiales, Laredo, Vitoria, Guetaria, San Sebastián, Bermeo y Fuenterrabía. Su objetivo era fortalecer su posición comercial con respecto a la competencia del otro lado del Golfo de Vizcaya, sobre todo en el comercio de lanas y harinas con las villas de Flandes e Inglaterra. En 1296 y 1311 la villa de Sant Emeterio queda arrasada por dos incendios de los que se salva la abadía. El rey Fernando IV de Castilla exonera de «los diezmos de todas las viandas que viniesen de fuera de los míos reynos» a la villa por tamaña catástrofe. En el siglo XIV, el Libro de las Merindades de Castilla (conocido como Becerro de las Behetrías) confirma esta condición, la de behetría, para la ciudad, es decir, la define como sólo dependiente de la monarquía, sin deberse a ningún otro señor feudal, exceptuando las prerrogativas del abadengo. Sin embargo, un siglo después, el 25 de enero de 1466, el rey Enrique IV cedió la ciudad al Marqués de Santillana, lo cual provocó la sublevación de los habitantes, que consiguieron la revocación de la orden real el 8 de mayo de 1467.
La tensión entre los pueblanos nuevos y viejos, encabezados por los clanes de los Giles y Negretes, obligó a la monarquía en el siglo XV a llevar a cabo una reglamentación del gobierno municipal, que puso en manos de dos alcaldes (uno por puebla) y varios regidores. En 1372 y tras la victoria en La Rochelle de la flota castellana frente a los ingleses, hacen entrada en el puerto de Santander con la comitiva de Enrique II de Castilla entre los visitantes ilustres. Este hecho goza de gran importancia ya que convierte a Santander en la base naval del Atlántico y dota a la misma de unas importantes Atarazanas Reales, similares a las de Sevilla y las Drassanas de Barcelona. En 1497 hizo escala en la villa la Armada de Flandes para desembarcar a Margarita de Austria, que venía a casarse en Reinosa con el príncipe don Juan, heredero de los Reyes Católicos. La flota trajo también la peste y fallecieron unas 6000 personas, de una población de 8000. La ruina y el despoblamiento no empezarían a aliviarse hasta tres siglos después. Entre 1596 y 1597, otra epidemia de peste dejó la población en unas 800 personas de un total de 2500 con las que contaba Santander. También a mediados de este siglo XVI hubo una fatal epidemia de la misma enfermedad en la villa.
Al comenzar el siglo XVIII, la villa de Santander comienza a recuperase de las crisis anteriores, que la habían dejado escasa de población, infraestructuras y lazos comerciales. En el aspecto administrativo, ya en 1653 había conseguido, junto a las otra villas, que se retirase a Laredo la condición exclusiva de cabeza de partido. En 1748, la posición preeminente se consolida con la orden real de construir el llamado camino de las lanas, que uniría Burgos y Santander, lo que convertiría el puerto en centro del comercio del norte. En 1754 el apoyo vino de la Iglesia católica, que la estableció como capital de diócesis y concedió al abad la categoría de obispo, con lo cual la Iglesia Colegiata pasó a ser catedral. Además, facilitaba el posterior ascenso a la categoría de ciudad de la villa. En 1755, Fernando VI otorga a la villa de Santander el título de Ciudad, y en 1783 se crea el llamado Consulado de Mar y Tierra de la muy noble y muy leal ciudad de Santander, entidad encargada de regular el tráfico marítimo con otras ciudades según un modelo liberalizado de comercio. A principios del siglo XIX, Santander encabeza los intercambios del norte de la península con los principales puertos americanos. Este desarrollo económico trajo consigo la formación de una clase burguesa comerciante que iría consiguiendo sucesivamente la regulación administrativa del territorio, primero como Provincia Marítima (1816), y después como provincia de Santander, en (1833).
La evolución continuó durante todo el siglo. Se crearon industrias auxiliares de la navegación (jarcias), de harinas, azúcar, cerveza, etc. También se crearon los astilleros de San Martín y la ciudad se fue estructurando según un modelo racional con la ampliación de los terrenos ganados al mar. El complemento de toda esta actividad fue la inauguración en 1851 del ferrocarril de Alar, que amplió aún más el tráfico con Castilla. Hasta 1900 el desarrollo de Santander irá unido al comercio creciente con las colonias españolas, siendo el puerto salida de gran parte de los productos de Castilla. Este auge económico hizo florecer una burguesía mercantil que, desde mediados del siglo XVIII a finales del XIX, impulsa el desarrollo urbano de la ciudad con el ensanche de Santander (que amplía la ciudad hacia el este).
El siglo XX en Cantabria :
El día 3 de noviembre de 1893, el buque vizcaíno Cabo Machichaco atracó en el muelle de Santander cargado con 51 toneladas de dinamita en la bodega y depósitos de ácido sulfúrico en cubierta. La normativa sobre mercancías peligrosas venía siendo incumplida sistemáticamente por autoridades y fletadores.
A mediodía, se declaró un incendio en el barco que atrajo a las tripulaciones de otros barcos (como el vapor Alfonso XIII construido en 1889), equipos de extinción, autoridades (incluido el gobernador civil) y curiosos. Poco después se produjo la explosión de la carga. El balance fue de 590 muertos y 525 heridos. Cabe destacar que en aquel momento había 50.000 habitantes censados en la ciudad.
Destruyó las primeras hileras de casas alrededor del muelle, y se cuenta que el ancla del buque cayó cerca de Cueto, a varios kilómetros de distancia.
Posteriormente, en 1941 se produjo un incendio que, iniciado en la madrugada del 15 al 16 de febrero en la calle Cádiz, en las proximidades de los muelles, y avivado por un fuerte viento Sur, arrasó durante dos días toda la parte histórica de la ciudad, cuyas calles estrechas y casas de estructuras de madera y fachadas con miradores facilitaban la difusión de las llamas. En esta ocasión hubo una sola víctima, un bombero madrileño, D. Julián Sánchez García en labores de extinción que falleció en el hospital de Valdecilla tras una leve recuperación.
Miles de familias perdieron sus hogares y la ciudad quedó sumida en el caos. El incendio destruyó la mayor parte de la puebla medieval (37 calles que ocupaban 14 hectáreas, en la zona de mayor densidad de población) y su reconstrucción estuvo precedida por un proceso de renovación urbana que cambió parte importante de la configuración de la ciudad. La necesidad de alojar a un importante número de familias que se quedaron sin casa tras el incendio dio lugar a una expansión urbana y a una configuración organicista de Santander. Así, además de varios edificios y ampliaciones de calles, entre 1941 y 1950 se crearon los barrios de Santos Mártires (162 viviendas), José María de Pereda (111), Pedro Velarde (348), el Poblado Canda-Landaburu (200) y el Poblado de Pescadores Sotileza (294).