Lugar poblado por cántabros, romanos y visigodos fue baluarte en la dominación árabe (de esta época solo quedan los nombres de algunos pueblos:
Cordovilla, Zalima...) y villa de gran importancia en la Edad Media. El 14 de mayo de 1255, siendo rey Alfonso X el Sabio y estando este en Aguilar, la declaró Villa Realenga y señaló sus términos. Este fue el Primer Fuero Real de Castilla (después sería Sahagún), que actualmente forma parte de los fondos del museo de la Hispanic Society of America (catálogo de 1953). La villa permanecería con este privilegio hasta 1332. Fue, desde entonces, cabecera de la Meryndat de Aguylar de Canpo, una división administrativa de la Corona de Castilla, vigente durante la Edad Media, cuya descripción figura en el libro Becerro de las Behetrías de Castilla redactado por las Cortes de Valladolid de 1351, cuando el estamento de los hidalgos solicitó al rey Pedro I la desaparición de las behetrías mediante su conversión en tierras solariegas. Esta merindad era una de las más extensas y pobladas de Castilla y contaba con 262 localidades, actualmente repartidas entre las provincias de Palencia, Cantabria y Burgos. Su alfoz contaba con 34 aldeas. Pedro de Aguilar, hijo ilegítimo del rey Alfonso XI el Justiciero y de Leonor de Guzmán, fue titular del señorío de Aguilar entre 1332 y 1338, y de los términos de Liébana en Cantabria y La Pernía, pero habiendo fallecido este infante siendo aún niño y sin descendencia, el Señorío de Aguilar de Campoo fue vuelto a conceder por el mismo rey Don Alfonso XI a otro de sus hijos, el infante Tello de Castilla el 10 de febrero de 1339, que fue Conde de Vizcaya, Señor de Aguilar de Campoo, de Castañeda y de Lara, y fundador de las villas de Marquina, Elorrio, y Guernica. Conservó este príncipe el Señorío de Aguilar de Campoo hasta su muerte en 1370, año en que la soberanía sobre el Señorío de Vizcaya fue asumida definitivamente por los reyes de Castilla. Sin embargo, tanto el Señorío de Aguilar de Campoo como el de Castañeda fueron confirmados por los sucesivos reyes de Castilla a los descendientes de Tello, siendo por tanto dicho infante el progenitor de la casa de los marqueses de Aguilar de Campoo.
El 10 de agosto de 1519 partió de Sevilla la expedición de Magallanes, junto a Juan Sebastián Elcano y 236 marineros para dar la primera vuelta al mundo. Uno de los 30 supervivientes que regresaron el 6 de septiembre de 1522 fue Juan Martín, natural de Aguilar de Campoo, a quien la Villa tiene dedicada una de sus plazas.
Murallas medievales
Se conservan aún seis de la siete puertas que en origen tuvo la villa. Estas son la Puerta de Reinosa (conserva una lápida hebrea), la de la Tobalina, la de Barbacana o Paseo Real, la del Portazgo, la de la Cascajera y la de San Roque.
Plaza Mayor
Además de la Colegiata, se encuentran varios palacios, entre ellos el de los Marqueses de Aguilar (de estilo barroco), el de los Fontaneda, casonas de estilo señorial cántabro (con amplias galerías mirando hacia el sur), la casa de los Siete Linajes, etc.
Palacio de los Marqueses de Aguilar de Campoo
Se conserva una de sus alas.
Iglesia de Santa Cecilia Monumento Nacional.
Monasterio de Santa Clara
Monumento Nacional.
Iglesia de Santa Clara
Puentes sobre el río Pisuerga
Cabe destacar el Puente Mayor y el puente del Portazgo, ambos de origen medieval; el puente del Molino Turruntero; el puente de las Tenerías; y el puente de la Teja. Además de otros de moderna construcción como la bonita pasarela de madera que conecta el Paseo del Soto y el Polideportivo con el Paseo del Loco montada a finales de diciembre de 2.008 sobre el cuérnago del Pisuerga.
En la historia más reciente cabe destacar la industria galletera en la villa. En la década de 1960 hubo en Aguilar cinco fábricas de galletas: Gullón, Ruvil, Fontaneda, Tefe y Fontibre, hasta el punto de que 9 de cada 10 galletas que se consumían en España salían de las galleteras aguilarenses. En la actualidad existen tres fábricas galleteras en la villa: Galletas Gullón 1, Galletas Gullón 2 y Horno de Galletas Aguilar (Grupo Siro). En los últimos años se han puesto en marcha dos nuevas fábricas de alimentación que se unen a las ya existentes: una perteneciente al Grupo Siro - donde se elabora mayoritariamente pan de molde para una conocida cadena de supermercados, y otra perteneciente a Gullón - llamada VIDA - donde se elaboran productos dietéticos y saludables.