La iglesia de Santa María se encuentra en la localidad de Lebeña, municipio de Cillorigo de Liébana, (Cantabria).
Es uno de los mejores testimonios del arte prerrománico en España, encuadrado dentro del denominado «arte de repoblación» o mozárabe. Fue declarada Monumento Nacional el 27 de marzo de 1893.
Documentos datados en el año 924 vinculan los nombres de los condes de Liébana, Don Alfonso y Doña Justa, con la fundación del templo, aunque no hay nada seguro al respecto. Tradicionalmente en Cantabria se les atribuye a estos nobles la erección de Santa María en la citada fecha. En nombre de Dios.
Sea notorio y manifiesto que yo el conde Alfonso y mi esposa, la condesa Justa, edificamos la iglesia de Santa María de Lebeña para trasladar el cuerpo de Santo Toribio a ella y mis siervos lo tomen y entierren, y como lo hubiesen tomado para enterrar, fui castigado por el juicio divino y quedé ciego hasta el presente, y mis soldados, que eran inocentes, al empezar a cavar con azadas quedaron también ciegos. Entonces ofrecí mi cuerpo y todo cuanto tengo en Liébana a Santo Toribio y a ti, abad Opila, y a los clérigos que allí sirven a Dios...Este texto, recogido en el Cartulario del Monasterio de Santo Toribio de Liébana y fechado en el año 925 (aunque parece ser una trascripción del s. XIII) nos relata el origen de este monumento, patrocinado por los condes de Liébana para depositar los restos de Santo Toribio, desde el monasterio cercano de San Martín de Turieno (hoy Santo Toribio) donde se encontraban. Tras perder la vista -por no ser del agrado del santo- volvieron a recuperarla cuando desistieron de su empeño y dieron sus heredades al citado monasterio.
Dos siglos más tarde, en 1187, el rey castellano Alfonso VIII donó la iglesia de Lebeña al abad del monasterio benedictino de San Salvador de Oña, aunque el propio rey desconocía como había llegado a ser de su propiedad. Es posible que, al haber sido una fundación condal, en algún momento hubiese pasado a la corona. Sin embargo, desde el siglo XI y hasta el siglo XVI, en que se convierte en parroquia, cae, junto con sus pertenencias, bajo la dependencia del abad de Santo Toribio. Los monjes cobraban las rentas de esta iglesia y poseían abundantes propiedades en el pueblo. Muchos vecinos de Lebeña donaban tierras al cenobio para la salvación de sus almas. Otros arrendaban o intercambiaban campos y sobre todo viñas, que constituían una de las principales riquezas agrícolas de la comarca.
En el siglo XVI (al menos desde 1510) comienzan a surgir pleitos porque los vecinos de Lebeña no reconocían el señorío del prior y se negaban a pagar los diezmos al monasterio. Con el tiempo, acaban desligándose de éste y crean su propia parroquia que ha perdurado hasta nuestros días.