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Tradicionalmente se ha considerado que el Ebro nace en Fontibre (del latín, Fontes Hiberis o fuentes del Ebro), manantial situado a 880 m de altitud en la Hermandad de Campoo de Suso, en Cantabria . Sin embargo, las sospechas que fijaban el origen del Ebro en las fuentes del río Híjar en el circo de Pico Tres Mares a 1.880 m de altitud, se convirtieron en evidencia en 1987 cuando un estudio llevado a cabo por el Instituto Geológico y Minero de España demostró que las aguas que manan del Pilar de Fontibre proceden casi en su totalidad del Híjar, tras filtrarse en el subsuelo en las inmediaciones de Paracuelles. Este hecho pudo ser verificado tras verter fluoresceína en el lecho del mencionado río en el lugar en el que se observa una gran pérdida de caudal -a unos 2.000 metros al oeste de Fontibre- y observar que pasadas 32 horas, reaparecía el agua teñida en la "Fuentona". Las mediciones de caudal demostraron además, que la pérdida de caudal del Híjar medida en Paracuelles, era muy similar al caudal medido en el manantial de Fontibre. Dicho estudio aporta además material gráfico que demuestra la resurgencia del agua teñida en Fontibre. Otras teorías o "creencias populares" se han mostrado hasta el momento vacías de todo fundamento o apoyo científico.
El Ebro es el río más caudaloso de España, segundo de la península ibérica después del Duero (caudal medio de 600 m3/s para el Ebro, frente a los 675 m3/s del Duero en su desembocadura en Oporto). Es además, el más largo de España y también el segundo de la península, solo por detrás del Tajo. Discurre enteramente por España, donde ocupa la primera posición entre los ríos que nacen y desembocan netamente en el país, tanto por su longitud como por su caudal. De entre los ríos que desembocan en el mar Mediterráneo, es el segundo más largo tras el Nilo.
El Ebro transcurre por el Valle de Campoo y la localidad cántabra de Reinosa, abandonando Cantabria por el municipio de Valderredible y entrando al norte de la provincia de Burgos por el Cañón del Ebro que da origen al Parque natural de Hoces del Alto Ebro y Rudrón. Continúa por la comarca de Las Merindades y termina su andadura por la provincia en Miranda de Ebro. Saliendo de la provincia de Burgos hace su entrada en la de Álava y posteriormente en la comunidad autónoma de La Rioja por Las Conchas, lugar donde antiguamente se formaba la laguna de Bilibio al quedar el río bloqueado por los Montes Obarenes. El río continúa su curso entre amplios meandros por los municipios de Haro, Labastida, Briones, San Vicente de la Sonsierra, Elciego, Cenicero, Fuenmayor y Oyón para llegar a Logroño. Desde allí forma el límite territorial entre La Rioja y Navarra pasando por las localidades de Viana, Agoncillo, Arrúbal, Mendavia, Sesma, Lodosa, Alcanadre, Sartaguda, Pradejón, Calahorra, Andosilla, San Adrián, Azagra, Aldeanueva de Ebro, Rincón de Soto, Funes, Milagro, Villafranca, Cadreita y Alfaro. Tras esta última localidad abandona La Rioja y entra definitivamente en la Comunidad Foral de Navarra bañando Castejón, Valtierra, Tudela, Cabanillas, Ribaforada, Fustiñana, Buñuel y Cortes hasta adentrarse en Aragón, donde baña las localidades de Novillas, Gallur, Boquiñeni, Luceni, Remolinos, Alagón, Torres de Berrellén, Casetas, Utebo, Monzalbarba, Zaragoza, Pastriz, El Burgo de Ebro, Alfajarín, Fuentes de Ebro, Pina de Ebro, Quinto, Gelsa, Velilla de Ebro, La Zaida, Alforque, Cinco Olivas, Alborge, Sástago, Escatrón, Chiprana, Caspe y Mequinenza. Por último llega a Cataluña atravesando Riba-roja de Ebro, Flix, Ascó, Mora la Nueva, Mora de Ebro, Tivisa, Miravet, Benifallet, Tivenys Cherta, Aldover. Tortosa, Amposta, La Aldea, San Jaime de Enveija y Deltebre.