El río Agüera es un río del norte de España, en la Cornisa Cantábrica, que discurre por Cantabria y la provincia de Vizcaya en el País Vasco y desemboca en el mar Cantábrico.
Nace en Cantabria en las estribaciones del Burgueño, entre los municipios de Valle de Villaverde y Arcentales y desemboca en la ría de Oriñón, entre Guriezo y Castro Urdiales.
Sus principales afluentes son los ríos Remendón, Andino y Rioseco. Tiene un caudal anual de 112 hm³ y una longitud de 21 km.